Comment les législateurs devraient utiliser la richesse des données COVID-19

Publié le mercredi 22 avril 2020

Auteur : Prof. Rees Kassen

Rees Kassen

Membre principal, ISSP
Professeur de biologie évolutive, Faculté des sciences, uOttawa

Publié originalement par le Forum économique mondial, le 20 avril 2020

Le monde n'a pas connu, dans la mémoire vivante, une pandémie à l'échelle de ce que nous vivons avec COVID-19. Le monde n'a pas non plus accès aux données et aux analyses, dont la plupart sont générées rapidement et diffusées librement, sur le virus du SRAS-CoV-2 lui-même. Pour sortir de cette crise, il faudra intégrer efficacement ces données dans la prise de décision.

Ce n'est pas une tâche facile dans le meilleur des cas. C'est encore plus difficile maintenant parce que le virus à l'origine de la pandémie, le SRAS-CoV-2, est nouveau pour l'homme, ayant franchi la barrière des espèces contre les chauves-souris. Il y a à peine quatre mois, nous ne pouvions même pas répondre aux questions les plus élémentaires sur le virus et la maladie qu'il provoque - à quel point il est transmissible, à quel point la maladie est virulente (dommageable) pour notre corps, si nous pouvons mettre en place une réponse immunitaire efficace . Nous apprenons au fur et à mesure.

Nous avons été ici auparavant, le plus récemment avec des coronavirus qui ont causé le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) en 2012 et, avant cela, le SRAS en 2002. Nous en savions aussi peu que maintenant sur ces maladies lors de leur première observation. chez l'homme. La différence entre hier et aujourd'hui est la vitesse à laquelle nous apprenons la biologie de base du virus et de la maladie qu'il provoque, et la manière dont nous naviguons les incertitudes en cours de route.

Les nouvelles technologies de génération et de diffusion rapides des données permettent de collecter et d'analyser des données sur le virus en temps quasi réel. Jamais auparavant nous n'avons vu autant de données générées et partagées aussi rapidement, parfois au prix d'une incertitude plus grande que nous le souhaiterions. Mais la vitesse et l'ampleur avec lesquelles ce virus se propage et évolue signifie que jamais auparavant autant de personnes n'avaient eu besoin de ces données de manière aussi urgente.

Considérez le début de la pandémie en janvier, alors que le virus a commencé à se propager depuis ses origines à Wuhan, en Chine, à travers le monde. En l'absence de vaccin, le seul outil d'intervention en santé publique disponible est le confinement, et pour ce faire, il faut savoir où se trouve le virus et à quelle vitesse le virus se propage d'une personne à l'autre. Des diagnostics rapides et des tests généralisés pour trouver des cas et retrouver leurs contacts au niveau régional sont essentiels ici, comme le démontre le succès des premiers programmes dans des endroits comme Taiwan, Singapour et la Corée du Sud.

Un retard, même de quelques jours seulement, peut être désastreux, comme l'Italie a été la première à l'apprendre. À l'avenir, de nouveaux outils pour le diagnostic au point de service, qui peuvent passer de l'écouvillonnage au signal en moins d'une heure, seront indispensables pour accélérer l'échelle et la portée des tests.

Obtenir les bons chiffres est un véritable défi. À l'heure actuelle, les meilleures estimations sont un seul cas d'infection par le SRAS-CoV-2, en moyenne 2,5 personnes supplémentaires. Mais l'incertitude entourant la dynamique de transmission de la maladie signifie que ce nombre peut varier considérablement et, avec lui, le nombre total de décès prévu. Les prévisions des modèles épidémiologiques ne sont aussi bonnes que les données que nous leur fournissons. Les décideurs doivent être prêts à vivre avec l'incertitude dans les prévisions et à ajuster leurs recommandations en conséquence.

L'objectif des mesures de santé publique comme le lavage des mains, l'éloignement social et la quarantaine est de réduire le nombre moyen de nouvelles infections aussi bas que possible et idéalement en dessous de 1. À ce niveau, le virus sera contenu. En effet, c'est la lentille à travers laquelle toutes les décisions doivent être prises dès maintenant, au cœur de la pandémie. À l'avenir, des choix difficiles devront être faits, car la santé publique est mise en balance avec les impacts sur l'économie, la liberté personnelle et la confiance du public.

Ce paysage en évolution rapide représente un défi supplémentaire pour les décideurs. Ce qui semble vrai un jour ne l'est pas le lendemain, car de nouvelles preuves apparaissent. Les premières estimations du taux de mortalité dû au COVID-19 en sont un exemple. Le taux de létalité (CFR; le nombre d'infections confirmées entraînant la mort) a été signalé pour la première fois en janvier pour atteindre 15%, mais des informations plus nombreuses et de meilleure qualité ont permis une révision régulière de ce nombre jusqu'à ~ 1%. Les décideurs doivent être prêts à réviser leurs recommandations à la lumière de nouvelles informations et à expliquer ces changements ouvertement et honnêtement au public.

La vitesse à laquelle les données sont générées représente une opportunité unique. Prenons l'exemple de la croissance des données génomiques. La séquence de la souche originale de Wuhan a été téléchargée à la mi-décembre 2019. Au moment d'écrire ces lignes, il y avait à peine 4 000 souches de SARS-CoV-2 disponibles pour analyse. Il s'agit d'un taux de croissance des données qui est tout simplement stupéfiant. Le virus évolue rapidement, accumulant des mutations à raison d'une ou toutes les deux semaines environ. La gestion et le sens des données sont aidés par des référentiels publics comme GISAID.org; tandis que les plates-formes d'analyse comme nextstrain.org permettent un suivi en temps quasi réel de l'évolution et de la propagation virales.

Dans ce climat de génération rapide de données et de partage généralisé, il existe un risque supplémentaire quant à l'exactitude et la fiabilité des données. Le processus délibératif habituellement lent d'évaluation des résultats s'est accéléré, ce qui augmente les risques d'erreur. Les risques sont quelque peu atténués par un processus d'examen par les pairs plus informel et ouvert qui se déroule dans des forums en ligne, lié à des serveurs de préimpression (qui rassemblent les articles universitaires avant qu'ils ne soient officiellement examinés et publiés par des pairs) comme medRxiv, bioRxiv et virological.org et même Twitter.

Plusieurs groupes travaillant sur le même problème sont également utiles. Si tous parviennent à la même réponse tout en travaillant indépendamment et en utilisant des approches légèrement différentes, nous pouvons être assez certains que le résultat auquel ils aboutissent est robuste. Les décideurs feraient bien de se souvenir des conseils du regretté biologiste Richard Levins sur l'utilisation de modèles mathématiques, notre vérité est l'intersection de mensonges indépendants. Il en va de même pour naviguer dans la richesse de la littérature scientifique.

Le SRAS-CoV-2 a franchi les frontières de l'espèce chez l'homme et galope d'un pays à l'autre le long du réseau richement enchevêtré de connexions mondiales que nous avons tissé. C'est un problème de notre propre création. Heureusement, nous avons maintenant des leviers plus efficaces pour la maîtriser. De nouveaux outils de collecte et d'analyse rapides des données facilitent la transmission du bon type de preuves entre les mains des décideurs.

Ce n'est pas assez. Un forum stratégique pour établir une approche mondiale harmonisée serait utile, tout comme l’intégration d’épidémiologistes dans les ateliers de politique où ils n’étaient pas traditionnellement installés, comme les services d’urbanisme des villes. Plus important encore, les décideurs doivent maintenir la confiance du public. Cela commence par écouter la science, adapter les politiques à mesure que de nouvelles données apparaissent et expliquer clairement les changements au public.

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